Die beiden Joy-Cons können einzeln, in jeder Hand oder zusammen verwendet werden, um einen einzelnen Joystick zu bilden, indem sie auf beiden Seiten des Joy-Con-Ständers verschachtelt werden. Sie können zur Verwendung im Mobilmodus an die Hauptkonsole angeschlossen oder mit einem Freund geteilt werden, um Spiele für zwei Spieler in kompatiblen Spielen zu genießen. Jeder Joy-Con verfügt über alle Tasten, mit denen er selbst als Joystick fungieren kann. Jedes Gerät verfügt über einen Beschleunigungsmesser, fortschrittliche HD-Vibrationen und ein Gyroskop, mit dem die Bewegungssensorfunktionalität beider Joy-Con unabhängig voneinander genutzt werden kann. Der rechte Joy-Con verfügt über eine NFC-Zone, die die Interaktion mit dem Amiibo ermöglicht, sowie eine bewegungsempfindliche Infrarotkamera, die in Spielen, die diese Funktion verwenden, die Entfernung, Form und Bewegung von Objekten in der Nähe erkennen kann.